Trung tâm Phục vụ hành chính công đối mặt với khó khăn về hạ tầng, thiết bị và nhân lực. Để duy trì hoạt động, các địa phương đang phải tìm kiếm nguồn lực bổ sung. Bộ Nội vụ đang nghiên cứu thống nhất mô hình tổ chức và giải quyết vấn đề phụ cấp cho cán bộ, công chức.
